Lệ phí phải được trả cho việc cấp thị thực. Lệ phí khoảng 3.000 yên cho thị thực một lần, 6.000 yên cho thị thực nhập cảnh hai lần hoặc nhiều lần, và 700 yên cho thị thực quá cảnh. Phí được thu bằng đơn vị tiền tệ của quốc gia (khu vực) mà Đại sứ quán / Tổng lãnh sự quán đặt trụ sở.
Nhập cảnh một lần: 3.000 yên / 25 đô la Mỹ
Nhập cảnh hai lần hoặc nhiều lần: 6.000 yên / 50 đô la Mỹ
Visa quá cảnh: 600 yên / 5 đô la Mỹ

Nếu visa không được cấp thì không phải trả phí. Phí xử lý cần thiết cùng với phí cấp thị thực trong trường hợp đơn xin thị thực được thực hiện thông qua cơ quan được Đại sứ quán / Tổng lãnh sự quán Nhật Bản phê duyệt.
Kiểm tra với Lãnh sự quán gần nhất để biết thêm thông tin.